La planta docente que colabora en el ISIA, son personas de cuerpo y corazón sensible, comprometido y solidario, quienes han depositado su confianza en el proyecto educativo en apuesta a cosas diferentes, que parecen no tener sentido en el mundo, pero que permita fortalecer el caminar que emprenden día a día las comunidades indígenas, a través de compartir practica y teóricamente sus conocimientos, experiencias y vivencias dentro de la comunidad universitaria y en las comunidades con las que se vincula la institución, de manera que el conocimiento sea  acorde a la realidad en la que se está incidiendo.

El entusiasmo y dedicación de los docentes que se han adherido a este proyecto intercultural, han potenciado los ánimos en las aulas y en seguir caminando junto a los tantos jóvenes que piensan en un mundo diferente, para las comunidades y el mundo.

La planta docente es diversificada, mucho de ellos pertenecen a la cultura ayuuk, otros de culturas indígenas de Oaxaca y del país, pero también no indígenas de los diferentes estados del país y de otros países que conviven en el día a día del quehacer educativo del ISIA.